一九八六年，大佛寺恢复开放。一九九零年，广明法师移锡本寺。一九九六年，广明法师退养，耀智法师继任。师目睹宝刹，殿堂残破，百废待兴，立三大愿：一者创办现代佛教图书馆；二者恢复本寺祖师塔园；三者收回历史用地。经多方努力，时至二零零三年愿力先后圆成。然大佛寺仍被周边民宅及商铺包围，征收复建关涉多方，所需资金尤巨，建设难度极大。师知难而进，把握机缘，遂更发三大宏愿：一是征回大佛寺历史失地；二是创办老人院；三是建设康复医院。师更撰愿文，领众诵读，日日回向。因师道心坚固，迎难而上，用心一处，多方协调，感动人天，得政府支持、四众护念，遂于二零零五年启动征拆。师慈悲为怀，事必躬亲，几经曲折，筹措资金，物色房源，逐户摸查，上门谈判，逐一商议，大小烦事，日夜操劳，殚精竭虑。至难之时，未言放弃，夜不能寐，勇毅前行，柳暗花明，艰于玉成，终于二零零九年完成拆迁重任，传统中轴用地基本收回。
苦心经营廿余年，宏愿成真。二零一六年，毗卢殿弘法大楼落成；二零二一年，北广场口袋园林建成；二零二三年，天王殿、观音殿、地藏殿及附属工程相继竣工。建筑面积共三万余平方，与寺院鼎盛时相近。寺院气象恢宏，殿堂鳞次栉比，弘法功能完备，都市丛林再现。今日大佛寺，堪称安僧办道、培育龙象之慧命道场，四众共修、弘法利生之修学园地，悲心切切、扶危济困之慈善机构，参观游览、休憩身心之精神家园。
自二零一六年，毗卢殿弘法大楼落成迄今，大佛寺广开教门，普及众机，以扩大别行共修、弘法利生之因缘。为契众生修行之根机，领众分别共修：遵依佛制、结夏安居；比丘诵戒、布萨羯磨；居士诵戒、忏悔出罪；持戒念佛、专修净土；都市禅修、管理身心；传统禅修、克期绵密等別行共修。为令社会闻法之因缘，善巧弘法利生：组建弘法部、规范弘法活动；创建图书馆、举办读书节；创办特色刊物、刊登因果故事；创建青年读书会、提供文化交流平台；成立“岭南佛教研究院”、弘扬岭南文化；举办生命教育论坛、树立正确人生观；培训生命教育师资、服务社会群体；拥戴“一带一路”倡议、开展对外文化交流；举办癌症康复营、倡导综合干预；开设心理咨询、解决心灵困惑等弘法工作。又依托大佛寺重建之能仁寺、百花古寺与海云寺亦将相继圆成，领众共修更为深入，弘法利生更加广阔。
值此本寺复建工程圆满之际，兹择癸卯年十一月十六（2023年12月28日）良时吉日，举行圆满落成、圣像开光暨方丈升座之庆典。以此胜会，自康熙二年（1663年）重建本寺至今恰是三百六十周年，欣逢耀智法师出家为僧四十周年。可谓大佛中兴，四众欢喜，众缘和合，功成德满。
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